Geneious,
唯一的用戶友好的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件
對(duì)齊序列,使用您選擇的算法構(gòu)建和查看系統(tǒng)發(fā)生樹(shù),并編輯圖像進(jìn)行發(fā)布 - 全部在一個(gè)程序中。
內(nèi)置可能性,距離和貝葉斯樹(shù)的構(gòu)建方法
交互式距離矩陣查看器可以讓您快速計(jì)算有意義的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)以進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析
發(fā)育樹(shù)建設(shè)和查看沒(méi)有雜文件
只需在Geneious中選擇任何對(duì)齊方式,然后選擇算法即可通過(guò)簡(jiǎn)單的單擊方法生成您的發(fā)育樹(shù)
您選擇的樹(shù)木算法
-
鄰居加入 - 使用快速簡(jiǎn)單的鄰居加入方法在幾秒鐘內(nèi)為大量分類(lèi)群建立自己的引導(dǎo)樹(shù)
-
UPGMA - 用于系統(tǒng)發(fā)育重建的簡(jiǎn)單快速分層聚類(lèi)方法
-
MrBayes - 對(duì)于貝葉斯系統(tǒng)發(fā)育的估計(jì),Geneious合并了可以在本地機(jī)器上運(yùn)行的MrBayes插件。
-
PAUP * - 通過(guò)我們精簡(jiǎn)的GUI界面從Geneious內(nèi)部啟動(dòng)PAUP *插件,以執(zhí)行Maximum Parsimony,Maximum LIkelihood。
您必須擁有或購(gòu)買(mǎi)PAUP *的副本才能使用此插件
-
PhyML - 利用PhyML插件最大限度地實(shí)現(xiàn)最大可能性
-
用于快速似然推斷的GARLI-遺傳算法
-
RAxML-隨機(jī)化軸向最大似然
-
FastTree - 核苷酸或蛋白質(zhì)序列比對(duì)的近似最大似然系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)
導(dǎo)出您的系統(tǒng)發(fā)育圖稿并發(fā)布
操作顯示設(shè)置來(lái)自定義分支標(biāo)簽,節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽,結(jié)束標(biāo)簽,樹(shù)形狀,樹(shù)形比例或顏色分支,讓您的樹(shù)看起來(lái)完全符合您的需要。 一旦你的樹(shù)建成保存為高品質(zhì)的矢量格式,如svg,pdf或eps用于發(fā)布或打印它,以便您可以將其粘貼在墻上。
系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建教程
教程
下載免費(fèi)試用版和我們的其中一個(gè)教程,以交互方式掌握Geneious的功能。
教程 - 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù):HIV案例研究的起源
使用Geneious使用分子系統(tǒng)發(fā)育工具來(lái)研究人類(lèi)免疫缺陷病毒(HIV)的進(jìn)化起源。
使用BLAST和多重比對(duì)標(biāo)注植物DNA序列,然后學(xué)習(xí)如何閱讀系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)以探索遺傳距離。
應(yīng)用筆記
關(guān)于如何使用來(lái)自埃博拉病毒分離株的下一代測(cè)序數(shù)據(jù)在Geneious中生成SNPtree的概述。
探索Geneious中的一條管道,該管道允許從疑似感染患者身上進(jìn)行的高通量宏基因組數(shù)據(jù)中準(zhǔn)確識(shí)別和分析低濃度ZIKV。