使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點(diǎn)與脫靶結(jié)合位點(diǎn)[2]
基于機(jī)器學(xué)習(xí)翻譯，僅供參考
練習(xí)1：查找CRISPR位點(diǎn)
在本練習(xí)中，您將運(yùn)行Find CRISPR位點(diǎn)功能來(lái)查找LYP1 CDS序列上的“GN（20）GG”CRISPR網(wǎng)站。
選擇LYP1 CDS（這個(gè)文件是geneious專(zhuān)用的demo數(shù)據(jù)格式，當(dāng)您下載了geneious可以導(dǎo)入進(jìn)去使用，或者導(dǎo)入您感興趣領(lǐng)域的數(shù)據(jù)）文檔，然后轉(zhuǎn)到克隆→查找CRISPR位點(diǎn)。
首先，將選項(xiàng)重置為默認(rèn)設(shè)置。要做到這一點(diǎn)，點(diǎn)擊窗口左下角的齒輪，并選擇重置為默認(rèn)值（如果當(dāng)前設(shè)置為默認(rèn)設(shè)置，這將變?yōu)榛疑?/font>
由于我們想要在此序列中的任意位置查找CRISPR位點(diǎn)，因此在綁定位點(diǎn)旁依次選擇無(wú)處不在。
在Motif面板中，使用Target和PAM字段指定要搜索的gRNA序列。如果您希望評(píng)估所有潛在的CRISPR位點(diǎn)，請(qǐng)?jiān)谀繕?biāo)框中輸入N（20）。或者，如果您想要檢查異地綁定的特定序列，則可以在目標(biāo)框中輸入確切的序列。在本教程中，我們對(duì)“GN（20）GG”指南序列感興趣。目標(biāo)序列為GN（19），PAM序列為NGG，因此目標(biāo)字段類(lèi)型為“GN（19）”，PAM Site字段類(lèi)型為“NGG”。這些字段下方的預(yù)覽顯示了該目標(biāo)和PAM序列的指導(dǎo)序列 - 即GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
在本練習(xí)中，我們只關(guān)注“GN（20）GG”位點(diǎn)在序列中的位置，因此取消選中通過(guò)脫靶分析對(duì)位點(diǎn)進(jìn)行評(píng)分的選項(xiàng)。我們要評(píng)估每個(gè)位點(diǎn)的活動(dòng)，因此請(qǐng)通過(guò)檢查目標(biāo)活動(dòng)來(lái)保持分?jǐn)?shù)網(wǎng)站。對(duì)話框現(xiàn)在應(yīng)該如下圖所示。點(diǎn)擊確定運(yùn)行搜索。
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Geneious將使用“GN（20）GG”基序鑒定該序列上的任何CRISPR位點(diǎn)并對(duì)其進(jìn)行注釋。“查找CRISPR位點(diǎn)”功能每次運(yùn)行的注釋都被分組到一個(gè)標(biāo)有CRISPR位點(diǎn)的新軌道中。CDS中有41個(gè)“GN（20）GG”CRISPR位點(diǎn)。
將鼠標(biāo)懸停在其中一個(gè)網(wǎng)站上，您將看到一個(gè)彈出式窗口，其中包含有關(guān)該網(wǎng)站的信息。該信息包括On-target活動(dòng)評(píng)分，其是在該位點(diǎn)的gRNA結(jié)合和Cas9切割效率的量度，如在Doench等2014中所計(jì)算的。此分?jǐn)?shù)是介于0和1之間的數(shù)字，數(shù)字越高表示預(yù)期活動(dòng)越高。CRISPR位點(diǎn)注釋根據(jù)此分?jǐn)?shù)自動(dòng)著色，從綠色（高分）到黃色和紅色（差分）的漸變。
要從序列中刪除這些注釋?zhuān)?qǐng)單擊序列視圖中曲目名稱(chēng)左側(cè)的箭頭，然后選擇刪除曲目。
未完，繼續(xù)第三[3]部分