中/英文教程
下載免費(fèi)試用版和我們的其中一個(gè)教程，以交互方式掌握Geneious的功能。
學(xué)習(xí)從RNA-Seq數(shù)據(jù)計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)度量。 測(cè)量來自兩個(gè)不同樣品條件的數(shù)據(jù)集上的RPKM，F(xiàn)PKM和TPM，然后計(jì)算兩個(gè)樣品之間的差異表達(dá)。
了解如何在Geneious中使用DESeq2，以比較兩種樣品條件下的重復(fù)表達(dá)水平。
NGS可視化和下游分析
注釋基因組和組件的美麗可視化，強(qiáng)大的變體調(diào)用和RNA-Seq表達(dá)分析。
輕松的可視化和導(dǎo)航
只需點(diǎn)擊一下geneious，就可以獲得所需的可視化數(shù)據(jù)。 注釋基因組，循環(huán)基因組，映射讀取，重疊群都顯示在我們高度可定制的序列視圖中。 選擇要顯示的其他注釋的著色方案，圖形和軌跡，然后使用動(dòng)態(tài)注釋搜索和位置跳轉(zhuǎn)來查找您要查找的內(nèi)容。
強(qiáng)大的SNP變異分析
通過多功能的Geneious算法或眾所周知的FreeBayes查找SNP /變體。 如果您有來自外部管道或供應(yīng)商的變體調(diào)用，只需拖入VCF即可。 通過與已知變體進(jìn)行編程比較來識(shí)別新的變體，或者使用我們的動(dòng)態(tài)表格視圖進(jìn)行排序和過濾，然后通過切換到同步序列視圖來查看基因組上下文。
簡(jiǎn)單的RNA-Seq表達(dá)分析
計(jì)算來自映射讀取的表達(dá)水平，然后進(jìn)行樣品之間的配對(duì)比較以鑒定差異表達(dá)的基因。 如果沒有統(tǒng)計(jì)編程語(yǔ)言方面的專業(yè)知識(shí)，R使用行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)DESeq2軟件包比較兩個(gè)條件之間的表達(dá)式，每個(gè)條件都有重復(fù)樣本。
切換到PCA Plot選項(xiàng)卡，使用主成分分析檢查數(shù)據(jù)的質(zhì)量，然后切換到交互式火山圖以發(fā)現(xiàn)感興趣的基因。 在火山圖中選擇一個(gè)基因后，您可以在序列視圖中直接跳到該圖，其中所有基因都根據(jù)差異表達(dá)進(jìn)行熱圖著色。
Geneious可視化與下游分析教程
應(yīng)用筆記
探索Geneious中的一條管道，該管道允許從疑似感染患者身上進(jìn)行的高通量宏基因組數(shù)據(jù)中準(zhǔn)確識(shí)別和分析低濃度ZIKV。